21XX年，凱恩博士發現謎之機器人－－X（艾克斯）。以其設計構想為基礎，開發出能夠自我思考的高精密度機器人－－「思考型機器人」。
雖然思考型機器人迅速地普及並被人類活用，不過其中也產生一種會傷害人類，被稱為「非正規品」的思考型機器人。
在這事態下，取締非正規品為目的，以優秀思考型機器人組織成的「非正規品獵人」結成，問題暫時解決。
然而，隨著「非正規品獵人」領袖，同時也是最強的思考型機器人，西格瑪的非正規化，世界即將面臨存亡的危機。
非正規品獵人艾克斯，以及特A級獵人傑洛，為了阻止西格瑪挺身而出……。
