EVA 最終號機

小說中的「EVA最終號機」則是由碇真嗣所駕駛的新機，名稱的「最終」蘊含著美里「不必再製造EVA」的祈願。

月面剝離的大地「黃泉比良坂」被S・EVA以自身心臟「高次元之窗」暴走的能量（第三次衝擊）接住後，這台S・EVA被送至消失的「舊中央多格瑪」（舊セントラルドグマ）進行改修，並由伊吹真矢進行最終調整，成為最後的EVA機體。這台機體將第三次衝擊的巔峰能量，即「最後0.82秒」的能量，通過被稱為「時間制動」的技術進行全面剎車，這項技術是在「事件視界上減速的碇真嗣的固有時間」內完成的。這可以說是碇真嗣的餘命，但他已不再是現實存在，而是作為EVA的夢境存在。儘管如此，現實中的碇真嗣並非完全消失，他仍以時間凍結的形式存在於最終號機內部的插入栓中（因此無法排出插入栓）。由於最終號機本質上是「時間近乎停止的無法控制的光之巨人」，因此它也能像引發第二次衝擊的第一使徒亞當一樣展開光之翼，手持日本刀型大兵器「備前長船（ビゼンオサフネ）」。

第三次衝擊能量的控制是通過由伊吹真矢安裝在背部的4枚肩部飛行單元般的拘束具來進行的。這些拘束具與S・EVA胸部的拘束裝甲「量子波動鏡」相同，通過調整肩部桅杆的位置來控制第三次衝擊能量的使用量。