VF-0S フェニックス （フォッカー機）

指揮官仕様機。A型と頭部の形状が異なり、レーザー機銃が2門に増設されている。限りなくハンドメイドに近いVF-0は、生産された機体ごとの最大推力・スロットル反応速度・機体安定性等の性能に差異が生じていた。S型は基本的にA型と機体構造は共通だが、生産段階で総合的に優れた個体を選抜、編隊指揮システムを増設して専用頭部に換装し、飛行技能に優れたパイロット用に操縦システムのリミッターをデフォルトで解除した機体である。推定生産機数4機。うち1機がプロトカルチャー遺跡争奪戦にて失われる。

スカル小隊長のロイ・フォッカー機はグレー地に黒と黄色のラインマーキングが施され、キャノピーカバーと尾翼には骸骨のマーキングが入っている。わざと目立つカラーリングになっているのは、統合戦争で熟練パイロットが減り、練度の低い若いパイロットが多かったため、自分が目立つことで敵の目を引き付けようとしたからだとされている。