「怪獣王」の異名を持つゴジラシリーズの主役怪獣。二足歩行する恐竜のような容姿で、その背景となる設定は作品ごとに異なり、外見も作品ごとに差異が有る。 『X-Ω』に登場するのは『ゴジラ2000 ミレニアム』『ゴジラ×メガギラス G消滅作戦』に登場した西川伸司氏デザインの個体。ただし、この二体の熱線は赤い熱線だが、今回登場するゴジラの熱線は青い熱線となっており、効果音などは機龍二部作に登場したゴジラのものが使用されている。
EVA初号機カラーの3式機龍。バックユニットを排除し0式レールガンのみを装備した「変則の高機動型」といった構成になっており、敏捷性が高く近接戦を得意とする。 「NERVが保管していた3式機龍の二号機」という設定で、大破した初号機の代わりに、碇シンジがテストパイロットを務める。 なお、設定上本機もゴジラの骨をベースに開発された機体なのだが、どこから調達した物なのかは不明。
