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福音戰士新劇場版：破／シン・エヴァンゲリオン劇場版：破

與電視版第14使徒戰不同，初號機在第10使徒戰中的覺醒是由真嗣強大的意志引起的，他希望拯救被使徒吞噬的零的心願。根據律子的解釋，初號機正在變成「EVA的本來樣子」、「接近超越人類的神聖存在」、「能量的凝聚體」。外觀上，黃綠色的部分被染成紅色，出現了使徒的光環。它不僅在防禦方面擁有極強的A.T.場，還可以用於攻擊和左臂再生，從眼睛中發出光線。

世上第一台為實戰而製造的EVA，也是第一架不需外部指令就能由駕駛員從EVA外部自行啟動的EVA（此處的駕駛員是指渚薰，其使徒的靈魂能夠和複製自第一使徒、並且封閉了內心的EVA二號機產生共鳴）。 外表塗裝為紅色，機體結構與零號機（改）相當類似，但血液顏色是紫色（新劇場版為紅色），眼睛數目為四顆。

由使徒渚薰駕駛，SEELE稱之為「真正的EVA」，冬月耕造則稱Mark.06為「真正的神」，外裝與初號機有少許接近，頭上有角及光環，塗裝為藍色，眼睛由紅色V字型眼罩遮蓋，底下的眼睛也和初號機相似。在「序」「破」的預告中稱為EVA6號機，但劇中均以Mark.06稱之。具有與初號機覺醒後相同的光環，還有著飛行能力。

Mark.06由SEELE在月球基地建造，似乎是把月球上戴著近似七目耶和華之眼（即TV版的莉莉絲面具）的白色巨人安裝EVA的外裝打造而成。
《福音戰士新劇場版：破》終盤，渚薰駕駛Mark.06自空中投出卡西烏斯之槍擊穿初號機中止擬似第三次衝擊。

在《福音戰士新劇場版：Q》中，是以被加持阻止的第三次衝擊時的狀態出現，Mark.06與莉莉絲的無頭身體融合，兩把長槍貫穿身體，根據渚薰的說法，當時已經改造為遠端操作型。

13號機拔出兩支朗基努斯之槍後，莉莉絲的頭顱和身體爆炸，Mark.06恢復原貌，藏於體內的第12使徒甦醒；改2號機和8號機未能阻止Mark.09砍下Mark.06的頭部釋放第12使徒。之後13號機吞噬第12使徒，令第13號機變為疑似神化形態，從而引發第四次衝擊。

在最終作於美里關於第三次衝擊的回憶中登場，在第三次衝擊中下半身與斷頭後的莉莉絲融合，手拎斬下的莉莉絲斷頭。加持良治犧牲自身結束第三次衝擊後，Mark.06與莉莉絲融合的姿態停留於中央大垂直溝最深處。

出現在《福音戰士新劇場版：破》中的機體。由真希波·真理·伊拉絲多莉亞斯駕駛。不過，在電影一開始時真希波提到「EVA臨時5號機，啟動」，可能表示EVA5號機的建造並未完成。 塗裝以綠色為主的5號機，上額及下顎部的裝甲部份呈錐狀突出，眼睛部份由V字形的黃色眼罩遮蓋。雙手方面，左手為錐矛狀的武器（類似中世紀時代歐洲騎士的長槍），而右手則是鉗子。腳部由四個用肢狀結構所連接的輪子組成，移動速度及靈活性比兩腳的EVA高。在電影中未能確認5號機有沒有核心，但已知道5號機的電力來源類似電車，雙肩有裝置連接到電纜上（從電影中可以見到因兩者摩擦而出現的火花）。 但於設定中的5號機，身體結構及拘束具與其他EVA接近，但雙手的武器皆是錐矛。塗裝為深啡色，而且電力來源似乎是臍帶電纜或內置電池。 5號機的操作方式不同於其他EVA。從真希波的駕駛過程中可以看見，5號機的視覺不是由駕駛倉提供，而是一個由駕駛員戴著，紅色的頭盔提供。另外，神經的連結方式是由六根綠色條狀物把駕駛員手腳和EVA連接，而在5號機的腳損毀的時候真希波並未感到痛楚，可以猜測5號機的腳部是機械結構。而駕駛服也不是以往的薄緊身裝，而是綠色，厚而緊的衣服。不過劇中有提到，為真希波而設的駕駛服在5號機戰鬥時並未送到，這件可能只是訓練用的駕駛服。後來於真希波用2號機戰鬥時已經更換了一件粉紅色的緊身駕駛服。而且真希波當時身處的可能只是駕駛倉之類的地方，並未用到魂之座。