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福音戰士新劇場版：序／シン・エヴァンゲリオン劇場版：序

登場於《序》。除了細節設計和顏色有變更外，其餘與《新世紀福音戰士》中的設定相同。

寄宿著碇唯靈魂的EVA。塗裝為主色系為紫色，副色系為螢光綠，強調整部機體的異型感，駕駛者是第三適任者碇真嗣。

外型與其他的EVA可說是天壤之別，頭盔如同獨角獸般的銳角設計，以及具有人形但更偏於獸性般的銳利雙眼設計，嘴的部分在暴走狀態下還能開闔，具有利牙能啃食對方，而最明顯的不同處在於平坦的片狀胸部裝甲版，以及有稜有角的外表。據說初號機稜稜角角的外表，是為了在暴走時帶給敵人身體巨大損傷所配置的，擁有攻擊型裝甲的設計概念。

標準武裝為裝置在左肩拘束器上的高振動粒子刀，而初號機有專屬的式樣，與普通的粒子刀相比，更具殺傷性及恐怖的破壞力。

初號機會在危險逼近時暴走，這點也和原作一致。但由於對應雷利爾的使徒未登場，劇中的暴走次數僅為兩次。新武裝包括加特林砲，但在對抗第五使徒時未能造成有效打擊。在第六使徒戰鬥的監視畫面中，可以看到其固有波形模式為「Blue**A'」。在對抗第十使徒時，初號機在真嗣「即使世界毀滅也要救綾波」的強烈意志下，進入了疑似神化第1覺醒形態。在這種形態下，由真嗣控制，釋放出潛藏的能力。此時初號機的拘束具從螢光綠變為紅色，頭頂出現了天使光環。它能夠用A.T.力場形成的左臂攻擊，並從雙眼發射光束，展現出如使徒般的攻擊能力。最終從使徒的核心中取出零號機的核心，連同綾波一起救出。插入栓深度超過180，讓律子稱其「超越了人類的界限」。

隨後，初號機與取得零號機核心的巨大人形體（由形象崩壞的使徒體液聚集而成）融合，進入與第二次衝擊時出現的四體光之巨人相似的三眼光之巨人「疑似神化第2形態」，並幾乎引發第三次衝擊。然而，從月面降下的Mark.06投出的卡修斯之槍在初期階段成功阻止了衝擊，並將其限制為「近第三次衝擊」。之後，初號機帶著真嗣和綾波的插入栓停止活動並被凍結。

後來，初號機被封入棺材並在大氣層外以核心化狀態封印。反NERV組織WILLE展開奪取作戰。即使經過14年，初號機仍未完全解除覺醒狀態，作戰中當明日香呼喊真嗣時，初號機回應並向Mark.04B發射光束，支援改二號機。接收後，初號機被用作WILLE的空中戰艦AAA Wunder的主機。此時真嗣與初號機的深層同步率為0.00%，律子表示即使真嗣登艙也無法啟動。因擔心作戰中再度覺醒，WILLE的上層決定給真嗣戴上DSS項圈（感應EVA覺醒時會殺死駕駛員以解除覺醒狀態的項圈），並作為檢體對待。

在南極戰鬥中，Wunder被嚴重損毀，初號機被源堂與第十三號機回收。此時的初號機已變為紅色核心化狀態，四肢被切斷。當真嗣希望登艙時，發現實際上的同步率雖接近0，但其值為無限大。在真嗣操縱下與源堂的第十三號機對峙，然而未能戰勝。在雙方精神對話後，源堂接受了真嗣「創造無需EVA的世界」的意志，並與碇唯一同用WILLE之槍（Gaius之槍）貫穿身體而消失。

基本設計與《新世紀福音戰士》相同，但在改裝和服役後，顏色並未更改，並裝備了與2號機相同的肩部武器架和胸部裝甲。

零號機是最早開發成功的試用型EVA，駕駛者是第一適格者綾波零。頭部設計與之前失敗的嘗試類似，但為單眼。頭部頂端的兩枚鏡片似乎是為了彌補單眼視覺在立體感的不足。

在第10使徒戰中，初號機攜帶裝有N2彈頭的導彈進行自殺攻擊，但未能成功擊敗使徒。其全身被焚燒，隨後在無力地站立時被第10使徒從膝蓋以上部位吞噬，連同綾波一起被吸收。不過，不需要的頭部被使徒吐了出來。

登場於《序》。基於在電視版第一、第二話中出現的第三使徒薩基爾進行設計。其外觀和攻擊能力的設定與電視版和原作基本相同。與初號機的戰鬥過程幾乎與電視版一致，最後被暴走的初號機殲滅並形象崩壞。不過，在崩壞時噴出的血液顏色從藍色改為紅色。

登場於《序》。基於電視版第三話中出現的第四使徒夏姆榭爾進行設計。其主要特徵是持續擺動的觸手。以兩條鞭狀武器能夠撕裂任何物體。胴體的設計與電視版基本相同，但背後新增了與第三使徒相同的「誘餌」面孔。與初號機的戰鬥過程幾乎與電視版一致，但不同的是，最後只留下觸手而形象崩壞，因此NERV未能獲得使徒的樣本。

登場於《序》。基本形態和能力與電視版的第五使徒雷米爾相同。然而，其戰鬥方式與電視版有很大不同，攻擊時和防禦時會根據「將四維立體投影到三維空間」的概念，變化成各種形態的不定型體（只有在攻擊形態時核心才會實體化，某些形態下核心會分裂成多個部分）。這種變形設計基於羅伯特·懷斯的電影作品《安德羅美達》中病原體增殖的描寫。此外，用於對地掘削攻擊的鑽頭並非從內部伸出，而是正八面體下部延伸形成鑽頭。粒子砲也變得更加多樣且強大，能夠摧毀整棟建築物，或是攔截來自360度的飛彈群。最大威力的攻擊甚至能夠把山體炸掉一半。

初號機第一次使用陽電子砲狙擊命中但未造成致命傷，使徒反擊，但被零號機的盾牌擋住，最終在第二次狙擊中被殲滅。在受到陽電子砲攻擊時，使徒變形成為擁有無數尖刺的星型正二十面體，如同海膽般，並發出人類的尖叫聲。最終，在山下作戰成功後，使徒本體及其到達地底的鑽頭部位一同形象崩壞，並向NERV總部降下了血雨。

NERV本部的地下，安置於L-EEE（Level Triple E：門上標有Central Dogma）的白色巨人。與電視版中未明確表明其身份不同，從一開始就被介紹為第二使徒，或稱「莉莉絲」。此外，舊劇場版中首次揭示的「地球生命的起源和終結的關鍵」這一真相，在這一階段由美里告訴真嗣。其設計與電視版基本相同，但面具與第四使徒的面孔相似。胸部有一處人類調查留下的傷痕，除了朗基努斯之槍，身上還插有多個十字架。