在西元2167年，地球遭受到來自水蛇座β星（みずへび座ベータ星）超新星爆發所引發的強大電磁脈衝和輻射（類似伽馬射線暴的現象，參照奧陶紀末期的大規模滅絕事件）的毀滅性打擊。然而，人類奇蹟般地從這場災難中恢復重建，並重新步上復興的道路。
隨著時間推移，人類發現第二波災厄即將來臨——這是自那場超新星爆炸後，約189年後將到達地球的衝擊波。為了應對這次災難，全人類開始建立完善的防禦體系，為即將到來的威脅做準備。
到了西元2356年，這股「衝擊波第二波」終於逼近太陽系。為了保護人類生活圈，全球啟動了名為「大計劃」（グレート・ミッション）的防禦工程，其中一部分就是建造「基地」（ファウンデーション），也就是巨大的太空站。「斯特爾維亞」（ステルヴィア）正是這些基地之一。本作的故事就從主角們入學斯特爾維亞**的宇宙學園展開。
這些「基地」除了是用來保護人類的設施外，也作為教育機構，培養能夠操作「Overbismachine」（オーバビスマシン，宇宙機）的駕駛員，以及負責基地運營管理的人才。因此，本作既是一部「對抗大災難的劇情」，也是一部「少年少女在學園中克服困難、成長與探索」**的青春劇。
