U.C. 0096年—— 一個既不屬於聯邦也不屬於吉翁的非官方傭兵組織「阿爾傑特·基爾」(アージェント・キール)接下了暗殺聯邦高官阿薩米·梅吉內(アザミ・メギッネ)的任務。這是聯邦軍的秘密委託,因為阿薩米與吉翁有內通關係,而這一事實無法公諸於世。然而,就在他們準備出擊之前,襲擊他們艦隊的竟然是聯邦軍的傑鋼隊(ジェガン隊)……。 在這混亂不堪的局勢下,「阿爾傑特·基爾」秘密擁有的一台銀色鋼彈悄然被釋放到宇宙中,展開了新的行動。