故事發生於《武神輝羅鋼篇》結束後約一百年，天宮再度陷入動盪。某日，鐵機武者突然叛變，直襲頑馱無本陣「烈帝城」。當時肩負守護天宮重任的戰刃丸、鬥刃丸及紅零斗丸三兄弟，難以抵擋猛烈攻勢，長兄戰刃丸更不幸戰死於鐵機武者真星勢多之手。為了報兄仇，紅零斗丸立志拜隱居中的前任將頑馱無——豪劍為師，卻遭拒絕。
紅零斗丸百思不解之際，在山中遇見一頭母獵犬為保護幼子而不懼其殺氣，這使他頓悟豪劍拒絕收徒的用意——並非不願傳授武藝，而是不願他陷入仇恨、為殺而學武。就在紅零斗丸明白真正修行的意義後，獵犬母親被追兵誤殺，他義憤出手抵抗敵軍，危急之時，豪劍化為巨大武者「豪劍鐵臣型態」擊退敵人，並終於答應收其為徒。
豪劍向紅零斗丸坦承，當年在重傷之下選擇引退，變為半鐵機化，得以在天界武者之助下擁有變身為巨大武者的能力。師徒倆踏上前往烈帝城的旅途，途中與弟弟鬥刃丸會合，卻遭遇鐵機武者軍團首領「鐵機將飛閃」與其率領的「超機動闇將軍」。面對過去的戰友變為叛將，豪劍感到震驚。
紅零斗丸再度與真星勢多交戰，戰鬥中「烈龍刀」崩裂，釋放出天界武者「烈龍頑馱無」。烈龍一現身便召喚傳說中的「超機動大將軍」，一招「天斬三鳳擊」擊退敵軍，卻也因能源耗盡與爆火隊猛烈炮擊而倒下。
接下來的戰鬥由地上的武者們接續。此時，天界武將「戰刃丸」騎著神駒「天雷轟」下凡，揭露鐵機武者叛亂真相：乃因其心靈之源「鐵機心得」被邪惡之力調包。藉由「天幻鏡」顯現附體黑影後，紅零斗丸與真星勢多的刀產生共鳴，分別化為刕霸一號劍與二號劍。真星勢多陷入昏迷之際，紅零斗丸成功替他換回正統的「善之鐵機心得」，眾人回復本性。
然而飛閃趁亂偷襲鬥刃丸，將其殺害。真正的黑幕——魔甲獵人「魔刃頑馱無」隨即現身，並喚來魔界之王「天鎧王」展開總攻。紅零斗丸與真星勢多為阻止其暴行合體成紅零斗丸大將軍與真星勢多大將軍，象徵武者與鐵機的和解。
儘管合體，但兩人心念未完全一致，無法發揮全部力量。魔刃趁隙施展封印術困住眾人。千鈞一髮之際，正在轉生過程中的「魂武者鬥刃丸」及時返身，擲槍破結界。烈龍趁亂奪回魔刃手中「刕霸三號劍」，交給紅零斗丸。
三柄刕霸劍合而為一，兩位大將軍合體為最終形態「刕霸大將軍」，最終使出必殺一擊，將魔刃徹底殲滅。
大戰落幕後，戰刃丸與鬥刃丸返回天界，紅零斗丸與真星勢多則繼承兄長遺志，攜手治理天宮，再度帶領天下走向和平。
