在上古時代移居太空的基多拉爾薩斯分支——瓦爾哈蘭，率領著壓倒性戰力重返地球，意圖奪回這顆藍色星球。這場突如其來的危機導致速杉隼人的父親——速杉北斗，被光之粒子傳送至異時空而下落不明。 而在另一條時間線中，年僅9歲的速杉北斗意外穿越至現代，並在陰錯陽差之下，成為搭載最尖端技術所開發的嶄新戰力——「新幹線變形機器人 阿爾法X」的駕駛員。 為了保護地球，也為了讓年幼的北斗能回到原本的時間線，超進化研究所再度召集各地支部的戰隊成員，組成聯合戰力，一同迎戰這支來自宇宙的最強敵軍。
