故事背景設定於前次大戰結束後的十多年。曾駕駛大鋼、對抗闇魔神吏偶遮光的舞威丸，在向超將軍爆流學藝後，蛻變為「武者號斗丸」。在其兄長——頑駄無軍團大將軍飛驅鳥大將軍的治理下，天宮之國迎來盛世。然而，半年前原本賢明仁厚的飛驅鳥大將軍突然性情大變，暴政四起，導致人民苦不堪言，國勢日漸敗壞。
為了查明真相，號斗丸與由爆流打造的鐵機武者兼摯友「鐵機武者鋼丸」一同啟程，前往大將軍所在的烈帝城。然而重逢的飛驅鳥大將軍卻判若兩人，甚至下令通緝自己的親弟弟號斗丸。
在神秘人（實為化身成「武零斗」的飛驅鳥）指引下，號斗丸與鋼丸轉往俄雲亂土，途中分別結識了來自異國的武者——輝龍、真紅主、鷺主與冒流刀，並與之結為同伴，攜手踏上揭開真相、拯救天宮之國的旅程。
