故事發生於SD戰國傳 傳說之大將軍篇 十多年後，前次大戰不知所終的魔殺驅，重新建立「新生闇軍團」，更發動「天之島墜落事件」， 令影舞亂夢、赤流火穩變成人間煉獄。新世大將軍的「心凰、技凰、體凰」結晶突然碎裂，碎片依附於七位超將軍身上。為阻止魔殺驅向天宮墜落「天之島」， 四大超將軍——荒鬼、雷鳴、獸王、天地，便起行出發解救危機，以及尋找另外三位超將軍。
同樣感到危機逼近、新世大將軍之子飛驅鳥，亦悄悄離開烈帝城， 與四大超將軍踏上尋找其餘三位超將軍之下落。