數十年前，頑馱無軍團領袖「初代大將軍」，與黑暗軍團首領「黑魔神」交戰中陣亡（天下統一篇）。在群龍無首之下，作為大將軍之弟「雷頑馱無」從隱居中東山再起，擁戴侄子「雷凰」為大將軍，又自任為頑馱無軍團軍師「將頑馱無」，希望集結各路武者，重建軍團。其中實力最強者有七人，後世亦稱之為「武者七人眾」，名聞天下。
而頑馱無軍團戰敗後，亦引致作為軍團同盟的「殺驅一族」，轉投闇黑軍團。後來族人首領「殺驅」成為軍團領袖，名號「殺驅頭」，統領時隱之國武者及部份暗黑軍團舊部，改名為「闇軍團」。兩方集團互相角力，故事就由此展開。
「武者五人眾」之一精太頑馱無，與殺驅三兄弟—古殺驅、今殺驅、新殺驅包圍時，以人馬型態輕鬆突圍。然而殺驅頭親自出馬，並向精太攻擊，形勢急轉直下。幸得摩亞屈、馱舞留精太前來相救。馱舞留精太更使出「目牙閃光砲」（頭部Mega Cannon），可惜仍讓殺驅頭逃脫。 戰線另一方，仁宇正與「堂我一族」首領漣飛威交手。然而即使變成武者飛龍，仁宇仍無法戰勝漣飛威。雖然如此，漣飛威卻由於負責取刀的「飛來擊」（Funnel）不聽使喚，無法使出致命一擊，仁宇才保住性命。
武者五人眾在將頑馱無召集下，再次集結。五人眾集結隱密（農丸），繼續與闇軍團的對戰。後來在與巨忍一族交手時，遇到曾為「七人眾」成員，現在被璽惡操縱的齋胡。在齋胡怪力攻勢之下，即使出動五人眾亦不得要領。千鈞一髮之際，武者以「苦無」破壞控制齋胡的洗腦面具，齋胡回復意識，更將璽惡擊退。
後來，將頑馱無的間謀百士貴及百鬼丸，把發現「闇將軍」的消息通報。於是將頑馱無決定，全軍向闇軍團發動攻勢。而隱密亦變回武者農丸頑馱無。自此「武者七人眾」再次齊集。
而闇將軍亦親赴戰場，與頑馱無軍團作最後決戰。原來闇將軍是殺驅頭進化而成，七人眾與將頑馱無奮力作戰，最後殺驅頭戰敗，闇將軍鎧甲被打碎。隱藏於當中，黑魔神蛻變而成的「闇皇帝」現身。
感到危機湧現的頑馱無大將軍（雷凰），立即趕到戰場，與闇皇帝作最終了斷。闇皇帝使出魔力，使自己巨大化。大將軍則吸收「武者五人眾」力量，令身體變大。兩名巨大首領相持不下。最後，頑馱無大將軍決定與闇皇帝同歸於盡。兩人化身成五顆「光之玉」及五塊「闇之碎片」。事件亦成為「風林火山篇」的序幕。
