隨著高中入學，夏目智春決定開始一個人的生活。然而，從三年前開始，他就一直被自稱是守護靈的青梅竹馬少女──水無神操緒附身著。
在他搬進哥哥夏目直貴曾經住過的破舊宅邸──鳴櫻邸的當天，有兩位美少女來到了這裡。一位是身穿黑色西裝的美女‧黑崎朱浬，據說是受直貴所託，來送交一只銀色手提箱；另一位，則是當晚潛入鳴櫻邸、想奪走手提箱的巫女裝少女‧嵩月奏。正是因為得到了這只銀色手提箱「Extractor（イクストラクタ）」，智春開始直面這個世界隱藏的真相。
第一學生會會長‧佐伯玲士郎曾說過：神早已拋棄人類，這個世界其實曾經毀滅過一次，而現在所處的，是藉由「惡魔」的力量重啟後的「第二巡迴世界」。
就這樣，智春開始了與一群性格各異的美少女們共同度過的，充滿波瀾與苦難的高校龐克風青春日子。
