高校入学を機に1人暮らしを始めることにした夏目智春。彼は3年前から、守護霊を自称する幼馴染の少女・水無神操緒に取り憑かれていました。
智春が兄・夏目直貴がかつて暮らしていたオンボロ屋敷・鳴桜邸に引っ越したその日、2人の美少女が鳴桜邸を訪れます。1人は、直貴から託されたという銀色のトランクを届けに来た黒のスーツを着た美女・黒崎朱浬。もう1人は、その晩にトランクを奪いに忍び込んだ巫女装束の美少女・嵩月奏。この銀色のトランク「イクストラクタ」を手にしたことをきっかけに、智春は世界の隠された真実と向き合うことになります。
第一生徒会会長の佐伯玲士郎が語ったところによれば、神は人間を見放し、この世界は一度滅び、「悪魔」の力を借りてやり直された「二巡目の世界」だということが明かされます。
こうして、美少女たちに囲まれ、波乱と受難に満ちた智春のハイスクールパンクな日々が幕を開けます。
