2025年、無人島「アイランド8JO」に設置された全自動ロボット工場を統括する巨大コンピュータ「カイロン5」が人類に宣戦を布告。以後1年以上続いた「ロボット戦争」の末期、人類は自動戦闘ロボット「ガンヘッド」507号機を中心とする部隊を送り込むが、守護ロボット「エアロボット」に全滅させられ、8JOは封鎖されることとなった。
2039年、カイロン5のCPUを奪うため8JOに侵入したトレジャーハンター集団「Bバンガー」は、世界連邦政府の研究所から超電導物質「テキスメキシウム」を盗み出し逃走していた生体ロボット「バイオドロイド」に襲撃される。仲間は次々に命を落とし、メカニックに長けた青年ブルックリンだけが生き残った。彼は、同じくバイオドロイドを追跡していた女性レンジャーのニムと行動を共にし、タワー内部で生き延びていた子供セヴンとイレヴンに助けられる。
やがてブルックリンはカイロン5の陰謀を知り、ロボット墓場に廃棄されていたガンヘッド507号機を有人型に修復・改造して反撃を開始する。一方、ブルックリンと別れて中枢へ向かったニムとイレヴンは、Bバンガーの仲間べべと融合したバイオドロイドに襲われ、テキスメキシウムを奪われてしまう。テキスメキシウムを取り込んだカイロン5ではカウントダウンが始まり、ゼロに到達すると巨大な原子炉と化そうとしていた。
ブルックリンは追撃してくるバイオドロイドやカイロン5の兵器をかわしながら戦い続けるが、ガンヘッドの損傷は深刻で、やむなく食料倉庫で入手したウイスキーを燃料代わりに補給する事態にまで追い込まれる。そのころイレヴンは、自身がカイロン5を起動させるための「キーワード」であることを示し、光を放ちながら単身で中枢へ向かっていた。
ブルックリンはエアロボットとの激闘の末にこれを撃破し、イレヴンを救い出すことに成功。ニムもバイオドロイドに襲われるが、融合していたべべの意識が抵抗し、バイオドロイドは自滅する。
やがてカイロン5の自爆プログラムが作動し、タワーの崩壊が迫る中、ガンヘッド507号機はブルックリンたち4人を脱出させる。彼らが機体でタワーを離れた直後、眼下の8JOは大爆発に包まれた。その瞬間、ブルックリンのもとへガンヘッド507号機から「任務完了」のメッセージが届くのだった。
