地球から1500光年離れたオリオン星系の大惑星ガニメデは、機械文明の発達による公害と大気汚染により荒廃していた。その汚染された海面から誕生した生命体・ヘドロン皇帝は、腹心オズメルを造り、ガニメデ星人をサイボーグ化。「コンギスター軍団」を結成し、第二の生存地を求めて地球へ侵攻し、その95%を占領する。
さらに、地球の主要エネルギー源である原子力を封じるため、「オメガミサイル」を装備した監視ミサイル衛星を衛星軌道上に配置。
唯一占領を逃れた日本では、敷島博士が地球奪還のため、空母「キング・ダイヤモンド」と戦闘ロボット「メカンダーロボ」を建造し、コンギスター軍団に立ち向かう。
