ファーストシーズン
西暦2307年、31歳となったシャル・アクスティカは、サポート組織「フェレシュテ」を設立。重犯罪人として投獄されていたフォン・スパークをガンダムマイスターとして迎え入れ、武力介入を開始したソレスタルビーイング（CB）を陰から支援する活動を開始する。
しかし、ガンダム鹵獲作戦のさなかに突如現れた「チームトリニティ」の登場によって事態は一変。彼らはフェレシュテの解体と、保管されていた0ガンダムの引き渡しを要求する。これに抵抗したフォンは瀕死の重傷を負ってしまう。
フォンの回復を待つ間、チームトリニティによる虐殺行為、プトレマイオスチームとの対立、そして国連軍の結成など、世界は急激な変革の渦に巻き込まれていく。この中でフェレシュテは初めて内部に裏切り者がいることに気づくが、時すでに遅く、西暦2308年、CBは崩壊を迎える。
セカンドシーズン
CBの崩壊後も、フェレシュテは生き残ったメンバーとの再会に備え、ガンダムの改良と世界情勢の監視を継続していた。そんな中、過去に死亡したと思われていた元ガンダムマイスター・ヒクサー・フェレシュタが突如現れ、ガンダムサダルスードを奪取。彼は自己を捨て、ヴェーダの目として世界を見続けていた。
一方で、回復したフォンは独自に行動を開始。各地の反政府勢力と手を組み、CBの理念に反したテロ活動を企てるようになる。その行動を問題視したシャルは、フォンを反逆者と認定し、改めてヒクサーをフェレシュテのマイスターとして任命。フォンの追撃を開始する。
しかしフォンは追撃をかわし、ついに未曾有のテロを実行。小惑星を連続爆破させてスペースデブリを発生させ、地球全体の太陽光を遮断するという“エネルギーテロ”を実行する。ただし、真の目的はCBの中枢システム「ヴェーダ」の所在確認とその奪取であり、月の裏側にあるメインターミナルに到達するも、すでにリボンズによってヴェーダの機能は別の端末へと移されていた。
このテロ事件を契機に、人類はスペースデブリ除去のため宇宙への労働力派遣を開始、宇宙開発が一気に加速。また、対テロ対策として独立治安維持部隊「アロウズ」が創設される。
その後、フォンは空になったメインターミナルを持ち去り、姿を消して消息不明となる。
そして西暦2311年、フェレシュテはCBと再び合流し、物語は『00I』へと続いていく。
