21世紀の終わり。
人類は新たなエネルギー『DG（ディバイングレイス）エネルギー』を手に入れ、目覚ましい経済発展とともに宇宙開発に乗り出した。冥王星圏まで開拓の手を広げていた時、突如、未確認生命体“ネルガル”の襲撃により、開拓団は壊滅した。地球連合軍はネルガルに対抗するため、世界中の遺跡から発掘された古代ロボット兵器“G’s フレーム”と、その操縦が可能な特別な能力を持つ少女たち“エンシエントガールズ”からなる『AG部隊』を結成した。
人類にとって初となる古代ロボットとAG部隊による対ネルガル戦となる木星トロヤ群戦役において、地球を護るために飛び立った地球連合軍第1次AG部隊は多くの死者を出し、4号機アセナのパイロット南宮麗雨はMIA（戦闘中行方不明）となる。
時は流れ、南宮麗香は、姉の麗雨を探すためAG部隊に志願する。
