この物語は、日本の九州近海に浮かぶ「双神島」に宇宙から飛来した謎の物体が引き起こした大惨事から始まります。その衝撃と爆風により島は壊滅し、数十年が経過しました。
その後、火島弾正が率いる組織「エクスタルタロン」が登場し、巨大ロボット軍団と浮遊基地「コキュートス」を使って世界各国の都市や軍隊を破壊し、最終的に双神島も攻撃します。この島の地下から現れたのが、白き要塞「新未来創世機関アヴァルダ」で、宇宙からの侵略者に対抗するために謎の「財団」が創りあげた超科学研究組織です。
アヴァルダから出撃した巨大ロボット「ダンガイオー（弾劾凰）」は、ビーム攻撃衛星を含む各国軍隊に無敵を誇ったエクスタルタロンを瞬時に壊滅させます（第1話）。
しかし、その後もアヴァルダは、秘密や世界の覇権を狙う地球の組織や国家からの攻撃を受け、さらに宇宙からの侵略者の先兵である「機甲獣」が出現します（第8話）。ダンガイオーは、四方八方から迫る脅威に立ち向かい、地球を守るために果てしない戦いへと身を投じることになります。
