前作で宇宙へと逃亡した悪の根源フューラーザタリオンを追って、Vコマンドガンダムは惑星を離れた。束の間の平和が訪れたものの、ある日、巨大なコロニーが大陸に落下。新たに現れたMS軍団によって、惑星は瞬く間に侵略されてしまった。 巨大複合企業ジオニック・コネクションによる圧政に対抗するため、かつての戦士たちはジオニックシティ各地でレジスタンス活動を展開していた。
