昴に続き、引きこもりの天才プログラマー・神代フラウ、ドクの孫で内気なカラテ少女・大徳淳和らが入部したロボ部は、JAXAの支援を受け、東京万博への出展を目指して二足歩行ロボット「実物大ガンヴァレル」の製作を開始する。
ある日、海翔は謎の電波障害について話を聞き、廃墟となった郷土資料館を訪れる。そこで、特定のARデバイス「居ル夫」を通さないと見ることができない幽霊と噂されていたAIキャラクターの少女・愛理と出会う。さらに、愛理の補完プログラムである「ゲジ姉」に導かれるまま、「君島レポート」と呼ばれる謎のARアノテーションを発見する。
それは、君島コウと名乗る人物が残した、命をかけた告発文であった。
だがこの時、海翔はまだ知らなかった。偶然見つけたその「君島レポート」が、自分たち、そして世界をどれほど大きな運命に巻き込んでいくのかを――。