幕府を転覆させようと企む老中・コーン守は、幻ナリ斎率いるカラカラ一族と密かに手を結び、数々のロボットを使ってエドロポリスに混乱をもたらそうとしていた。彼の狙いは、町に混乱を引き起こし続けることで、町人たちの将軍への信頼を失わせ、自らの野望を果たすことにあった。
その動きを察知していた大目付・ワンコー守は、密かに対抗組織「秘密忍者隊ニャンキー」を結成。メンバーは、ヤッ太郎、スカシー、プルルンの3人。彼らは表向きは「ピザキャット」というピザ屋の店員として働きながら、エドロポリスの正義と平和を守るため、影で日々戦い続けている。
エドロポリスに再び平和をもたらすべく、ニャンキーたちの奮闘が今、始まる。
