企圖推翻幕府的老中玉米守（コーン守），暗中與由幻成空（幻ナリ斎）率領的咔啦咔啦一族（カラカラ一族）結盟，密謀利用各式各樣的機器人製造混亂，讓繁華的江戶羅波利斯（エドロポリス）陷入動盪。他的目的，是透過一連串騷亂動搖市民對將軍的信任，藉此達成奪權野心。
與此同時，一支由太郎（ヤッ太郎）、十郎（スカシー）、寶寶（プルルン）三人組成的祕密忍者部隊「喵奇隊」（ニャンキー），也在暗中展開行動。這支部隊其實是由早已察覺玉米守動向的幕府大目付五郎兵衛（ワンコー守）所秘密組織的正義力量。
平時，喵奇隊三人化身為外送店「薄餅屋」（ピザキャット）的員工，實際上則是在守護江戶羅波利斯的正義與和平。他們以忍者的身分暗中出擊，與邪惡勢力展開一場場熱血又歡樂的機器人大對決——這是一段充滿動作、喜劇與熱情的機器人忍者英雄故事！
