千葉県・舞浜南高校に通う高校生「ソゴル・キョウ」は、幼なじみのガールフレンド・カミナギ・リョーコや、ケンカ仲間の悪友たちに囲まれながら、廃部状態となった水泳部の再興に奮闘していた。
そんな日常の中、キョウは少しずつ「世界の違和感」に気づき始める。些細な不思議がいくつも重なっていくうちに、彼はこの世界が“ループする世界”――くり返される仮想の夏――であることを知る。
人類は、実験場として世界を改変しようとする存在「ガルズオルム」によって、永遠の夏に閉じ込められていた。そんな閉ざされた世界に、唯一の希望として現れるのが、光の鎧「ゼーガペイン」と、どこか謎めいた少女「ミサキ・シズノ」の存在だった。
キョウはゼーガペインに乗り込み、偽りの世界を破り、本当の未来を掴むための戦いへと足を踏み出していく。
