地球から11光年離れたイプシロン星。その星の総統シャイディーンは、地球の加藤博士が研究を進めている「タイムリンクル理論」――惑星間を自由に移動できる技術――の存在を危惧していた。平和的な解決を望むシャイディーンは、親善のための特使団を地球に派遣し、加藤博士に共同開発を提案しようとしていた。
しかし、親善使節団の任を負った爬虫類型人類の司令官・ゴルテウスは、自らの野望と身勝手な欲望を優先させ、上層部の命令を無視して地球侵略を開始してしまう。
さらに、タイムリンクル理論の完成によって自らの越権行為と不祥事が母星に知られることを恐れたゴルテウスは、加藤博士の家族を人質に取り、研究を中止させようとする。
母と兄を人質に取られた加藤博士の息子・ユージは、仲間たちと共に立ち上がる。合体指令メカ「ペンタゴラス」と、状況に応じて変形・合体が可能な巨大ロボット「バラタック」の力を駆使して、ゴルテウスの奇妙かつ無茶苦茶な侵略作戦を阻止していくのだった。
