はるか昔、宇宙船の故障によって地球に不時着し、帰る術を失った宇宙人・バビルは、救難信号を発信するために巨大な塔を建設した。しかし、その塔は地球人の不注意によって崩壊してしまい、彼の希望は絶たれてしまう。
帰還を諦めたバビルは、やがて自分と同じ能力を持つ子孫が誕生することを予見し、全ての力と知識、そして遺産をその者に託す決意を固めた。
それから五千年の時が流れ、日本にひとりの少年が誕生する。バビルの塔と、三体のしもべ――変身自在のロデム、空を駆けるロプロス、そして海を制するポセイドン――を受け継いだ超能力者・山野浩一。彼は「バビル2世」として名乗りを上げ、世界征服を目論む悪しき超能力者・ヨミと対峙することを決意する。
こうして、バビル2世とヨミの壮絶な戦いの幕が開けるのだった――。
