意思を持つ機械生命体たちが暮らす電子惑星B-1。この星では、ディラン総統が率いる邪悪なグレンドス帝国と、コンピューターRIMを中枢とするアルゴ共和国・マシンロボ軍団との戦いが長きにわたって続いていた。
そんな中、独自のやり方で戦う少数精鋭の部隊「バトルハッカーズ」と、地球からこの星に漂着した少年アキラたちは出会い、共に手を取り合ってグレンドス軍に立ち向かうことになる。
アキラたちとバトルハッカーズが繰り広げる戦いと友情を軸に、マシンロボ軍団の痛快なバトルが展開される中で、かつては「はみだし者」と呼ばれていたバトルハッカーズも、やがて軍団の中核へと成長していく。そして、その姿は厳格なRIMのプログラムにも変化をもたらし、「ぶっちぎり」の熱い心が芽生えていく。
物語の終盤、RIMは地球人をこの戦いに巻き込まぬよう、アキラたちを宇宙船で送り出すが、やがて彼らがいた惑星が、地球人の武器商人による実験場だったという衝撃の事実が明らかになる。
アキラたちは「必ず戻ってくる」と誓いを胸に刻み、バトルハッカーズと別れ、地球への帰還の途へとつくのだった。
