GROと名乗る謎の組織が、巨大ロボットを駆使して世界各地の古代遺跡を襲撃するテロ行為を繰り返していたが、その目的は一般には明らかにされていなかった。 南与那国島のダイビングショップで働く18歳の少年・草間大作は、ある日現れた謎の少女に導かれ、古代遺跡で不思議な契約を結ぶことになる。そしてその結果、巨大ロボット「GR-1」の専属パイロットとして選ばれてしまう。 少女の行方を追いながら、大作はGROと対峙し、戦いの渦へと巻き込まれていく。
