まほろばの村に暮らす高校生、来栖川姫子と姫宮千歌音が16歳の誕生日を迎えたその日、突如として不気味な日食が世界を覆う。それは、かつて剣神アメノムラクモと二人の巫女によって封印された邪神ヤマタノオロチが復活する兆しであった。
復活を果たしたオロチとその配下・オロチ衆は、世界を滅ぼすため、転生した巫女である姫子と千歌音の命を狙い始める。姫子の幼なじみである大神ソウマもまたオロチの力により覚醒させられるが、姫子の巫女としての力によりオロチの支配を退けることに成功。彼は姫子を守るため、巫女側に立ち、オロチ衆との戦いに身を投じていく。
激しい戦いの中で姫子とソウマは次第に惹かれ合っていくが、一方で姫子に秘めた想いを抱く千歌音は、その関係に苦しむ。やがて彼女は、自らの前世で姫子を手にかけた記憶を取り戻す。今回は姫子に自分を殺させることで、オロチの滅びと世界の再生を成し遂げようと、千歌音は自らオロチの力を利用し、姫子に敵意を向けさせる道を選ぶ。
最終的に、復活したムラクモとソウマの犠牲によりオロチは倒され、千歌音は人柱となる。しかし、姫子は真に愛する千歌音と共に、永遠にオロチを封じ続けることを決意する。
その後、歴史は書き換えられ、世界は平和な姿で再生される。ソウマやかつてのオロチ衆たちも元の穏やかな日常を過ごすが、姫子と千歌音の姿はその世界から消えていた。だが2人は、月の社にて、永遠の夢の中で共に生き続けている。
