復活の聖機兵
ラゴル地方、ダバード王国に突如としてネオジオン族の機兵軍団が襲来。その報を受けたキングガンダムII世は、灼熱騎士F91と銀騎士ビギナ・ギナを現地に派遣する。一方、伝説の聖機兵・ガンレックスを狙うネオジオン族は、王家の谷へと侵攻。ルガシ村に駐在していたダバードの騎士GP01とGP02が駆けつける。シーブックが持ち出した「鳴動の装備」と、セシリーの唱えた呪文によって、聖機兵ガンレックスが復活し、ダバードとネオジオンの戦いは新たな局面を迎える。
聖機兵VS機兵軍団
ガンレックスの操手として選ばれた騎士ガンダムGP01。これを好機と見たニナ女王はネオジオンへの攻勢を決意するが、魔機兵ザマレド・マンサーの猛攻によりガンレックスは窮地に陥る。ダバード王国もまた、ネオジオンの総攻撃により危機に直面する。その時、幻獣ジーグリフがガンレックスに白金の盾を授け、ザマレド・マンサーを撃破する。しかし、勝利の裏で、ダバード城は炎に包まれていた。
もう一つの聖機兵
ダバードから撤退し、アルマータ地方へと逃れたダバード軍のもとに、ラクロア騎士団が駆けつけ、心強い援軍が加わる。そんな中、「ガイアの大穴」にもう一体の聖機兵が眠っているという情報がもたらされる。GP01はガンレックスを駆って急行するが、そこには聖機兵ルーンレックスを掘り起こしたネオジオンの大軍が待ち構えていた。激戦の末、ガンレックスが優勢かに思われたその時、ルーンレックスが放った光により、ガンレックスは姿を消してしまう。
真聖機兵誕生
ネオジオンの侵攻により次々と国が滅ぼされていく中、ダバードを中心とする連合軍は、ブリティス王国の円卓の騎士、ラクロア騎士団の協力を得て、ネオジオンの本拠地への直接攻撃を決断する。一方、異空間に飛ばされたGP01は、スペリオルドラゴンとの超融合により、新たな力を手に入れ、ガンレックスは「真聖機兵」へと進化を遂げる。だがその前に、ネオジオン族総帥ジークカロッゾがルーンレックスの残骸と融合し、邪神機兵ルーンカロッゾとして立ちはだかる。全てのエネルギーを吸収するその脅威に対し、ガンレックスは渾身の一撃を放つ――。
