英雄たちの活躍によって、ダークマスクによる世界崩壊の危機は回避され、平和が訪れた。戦いを終えた英雄たちは、それぞれの地へと帰還し、再び日常へと戻っていった。
それから、数年後――
ナイトワールドの各地では、「“Ｚ族”と名乗る謎の一団が勢力を拡大し、アーサー王の体制を覆そうとしている」という不穏な噂が囁かれ始める。
ナイトワールドを治めるアーサーガンダムMk-Ⅲは、真相を確かめるべく、甥である若き騎士・ナイトストライクガンダムに調査を命じる。
こうして、ナイトストライクガンダムはキャメロット城を後にし、噂の真相と世界の平和を守るため、新たな旅へと歩み出すのだった。
