1926年のフランス・パリ。当時、この街は世界でも経済と文化の両面で最先端を行く都市だったが、街では正体不明の怪人による事件が相次いで発生していた。フランス政府はそれに対抗するため、都市を霊的に防衛する組織「巴里華撃団」を設立する。その隊長として白羽の矢が立ったのは、かつて日本の帝都を二度にわたり救った「帝国華撃団・花組」の隊長、大神一郎だった。
黒鬼会との戦いを経て中尉に昇進した大神は、海軍の留学生としてフランスへ渡る。しかし現地の生活に慣れる間もなく、自身の真の任務を知ることになる。テアトル・シャノワールを拠点に、大神と巴里華撃団・花組の仲間たちは怪人たちとの戦いに挑む。花の都・パリを舞台に、新たな戦いの幕が上がった。
