頑駄無軍団と闇軍団の戦いは、総大将同士の相討ちという形で幕を閉じた。闇皇帝に操られていた殺駆頭が正気を取り戻し、それと共に頑駄無国と時穏（ジオン）の国との間に和平が結ばれた。
しかし、その戦いの際、二代目頑駄無大将軍の力の源である「頑駄無結晶」は光の玉となり、各地に飛び散ってしまった。この影響で、三代目頑駄無大将軍となったかつての武者頑駄無は、真の力を発揮できない状況に陥っていた。大戦後、大将軍の力を取り戻すため、飛び散った光の玉を捜索していた農丸は、光の玉の一つを宿す赤ん坊を発見。その子を「荒五郎（あれごろう）」と名付け、養子として迎え入れる。
それから15年の歳月が流れ、荒五郎は立派な若者に成長。「荒烈駆主（アレックス）」と名乗るようになっていた。
だがある日、平和は突然破られる。時穏の国が再び闇軍団として挙兵し、再び頑駄無国への侵攻を開始したのだ。闇軍団への対応に追われる頑駄無軍団。そんな中、荒烈駆主は大将軍から、残る四つの光の玉を宿す者達を探し出すという命を受け、単身で旅立つこととなる……。
