第一章 竜虎、相まみえる！
影舞乱夢〈エイブラム〉は、突如現れた3つの黒い太陽とほぼ同時に登場した黄虎賊〈オウコゾク〉と呼ばれる集団によって、天下の乱れる凶兆「赤い十字星」の下で荒廃の一途を辿っていた。かつて影舞乱夢を治めていた龍帝の子孫である白龍頑駄無は、和魂〈ニキダマ〉を携えて単身で黄虎賊に立ち向かっていたが、義勇軍を組織する青龍頑駄無に出会い、自らも義勇軍に加わることを決意する。旅商人を名乗る臥龍頑駄無から3頭の龍馬を譲り受けた白龍たちは、黄虎賊との決戦に挑むが、首領・黄虎璽〈オウコジオング〉の力は絶大で義勇軍は窮地に陥る。しかし、3頭の龍馬が天龍馬へと合体し、白龍、青龍、赤龍は天龍馬と共に黄虎璽を討つ。黄虎璽の断末魔で告げられた「あの方」の存在を追って、天龍馬に導かれるまま3人は飛び立つのだった。
第二章 大蛇飛駆塞虫の襲来！
かつて頑駄無大将軍が統治していた天宮〈アーク〉では、赤い十字星が輝く日に巨大竜巻が発生し、次々と街が壊滅する事件が発生していた。不論帝悪村〈フロンティアむら〉で日々修行に励む若武者・衛府弓銃壱〈エフキュウジュウイチ〉と幼馴染の激闘頑駄無〈ヘビーガンダム〉、全武装頑駄無〈フルアーマーガンダム〉は、村を守るために立ち上がる。猛者一族に襲われた新慈絵丸〈ネオジェガン〉の依頼で里武守村〈ザムスむら〉の鉱夫たちを救出した3人は、和魂を巡る戦いに巻き込まれていく。そして爆火炉忍亜山〈バビロニアさん〉の山頂で事件の首謀者・大蛇飛駆塞虫〈オロチビグザム〉と対峙した3人は、謎の声に導かれ完成した最強破壊砲〈グレートバスターキャノン〉により大蛇飛駆塞虫を討つ。正体を現した声の主・新慈絵丸は、封印された洞窟を開放し、和魂を3人に託して災厄を打ち消すよう告げる。洞窟の先で彼らを待つものは何か…。
第三章 地獄牙兄弟の反乱
赤流火穏〈アルビオン〉の空に赤い十字星が現れた翌日、領主である鐘馗頑駄無が行方不明となる。鐘馗頑駄無の長男・阿修羅頑駄無は弟の仁王頑駄無、側近の不知火頑駄無と共に、父の生家に向かう矢文に従う。道中、父の部下である地獄牙兄弟〈ベルガきょうだい〉の反乱を知るが、矢文の指示に従い都臨屯の街〈トリントンのまち〉へ向かう。そこで出会った龍・牙髄〈リ・ガズイ〉から新たな力と和魂を授かり、軍勢を整えた阿修羅たちは赤流火穏奪還のため武里守勉城〈ブリスベンじょう〉へ進撃し、地獄牙兄弟を討ち鐘馗を奪還する。しかし地獄牙兄弟の断末魔でクロスボーン・バンガード〈黒守暴穏島〉の黒幕が示唆され、龍・牙髄の行動は鐘馗の指示ではなかった。阿修羅は黒守暴穏島へ向かう決意を固め、阿修羅、仁王、不知火の持つ盾が合体して船のような「光輝の楯」に変形する。3人は光輝の楯に乗り、黒守暴穏島へと旅立つ。
第四章 地上最強の決戦！
臥龍、新慈絵丸、龍・牙髄の3人は光の化身・頑駄無大光帝の家臣である「光の三人衆」であり、大光帝復活のため和魂を託す勇者を探していた。一方、闇の化身・闇大帝頑駄無も「闇の三人衆」を通じて各地で争乱を操り、荒魂による復活を企てていた。白龍、青龍、赤龍、衛府弓銃壱、激闘、全武装、阿修羅、仁王、不知火は光の三人衆により大光帝と闇大帝が封印された黒守暴穏島へ集結。闇の三人衆によって復活した闇大帝に対し、大光帝も復活。光と闇の激闘の末、大光帝は闇大帝を捕らえ、太陽へと身を投げ打ち両者は消滅する。
その後、黒守暴穏島を中心に3つの国へ向かう道が現れ、三国の勇者はそれぞれの国へと戻る。この道は、平和を取り戻した3つの国が互いに国交を深める礎となるのだった。
