響裕太はある日、クラスメイトの宝多六花の家の前で倒れ、自分の名前を含めたあらゆる記憶を忘却した状態で目覚める。混乱する裕太は、六花の家が営むジャンクショップに置かれていた古いパソコン・ジャンクから呼びかけるハイパーエージェントグリッドマンより、自身の使命を果たすように諭される。
裕太は戸惑いながらも日常生活に戻るが、街に謎の怪獣が現れたとき、グリッドマンに導かれるまま彼と合体して怪獣を撃破する。かくして裕太は、六花や友人の内海将とグリッドマン同盟を結成することとなり、謎の存在アレクシス・ケリヴの力を借りて怪獣を生み出すクラスメイトの新条アカネと対峙する。
