西暦2042年。地球上では、突如現れた未知の巨大生物「擬態獣」と、世界各国で開発された巨大ロボットたちとの戦いが繰り広げられていた。
日本のスーパーロボット「ゴーダンナー」のパイロット・猿渡ゴオは、後に「巨神戦争」と呼ばれるボス擬態獣との決戦において、パートナーであり恋人でもあったミラ・アッカーマンを失ってしまう。しかし、その代わりに1人の少女の命を救うこととなる。その少女の名は葵杏奈。
辛くも人類は戦いに勝利し、5年の歳月が流れる。しかし、世界各地では未だ擬態獣の亜種が生き残っており、スーパーロボットたちとの戦いは続いていた。17歳の高校生となった杏奈はゴオと再会し、やがて恋に落ち、2人は結婚を決意する。
だが結婚式当日、日本に擬態獣が出現。ゴオは式を途中で中断し、ゴーダンナーで出撃する。杏奈もゴーダンナーのパートナーロボット「ネオオクサー」に乗り込み、自らも擬態獣との戦いに身を投じる。
