機動戦士ガンダムNT

宇宙世紀0079年。ヨナ、ミシェル、リタの3人の少年少女は、ジオン公国軍のコロニー落としを事前に察知し、多くの人々を避難させて命を救ったことで「奇蹟の子供たち」と呼ばれるようになる。しかし身寄りをなくした彼らは、その能力に着目した地球連邦軍により、一年戦争終結後には特殊な施設で過酷な実験に晒されることとなった。数年が経過した後、ミシェルの一計によってヨナとミシェルは施設から逃れられるも、残されたリタはやがてユニコーンガンダム3号機フェネクスと共に行方が途絶えてしまう。

そして宇宙世紀0097年。「ラプラスの箱」をめぐるラプラス事変は、「袖付き」の壊滅と「箱」の開放によって決着。その立役者となったユニコーンガンダム1号機と2号機バンシィ・ノルンは、現在では扱い切れない技術的特異点「シンギュラリティ・ワン」として解体・封印されていた。だが、それと前後して行方不明であったフェネクスが地球圏各所で目撃されるようになる。ルオ商会の重鎮となっていたミシェルはシンギュラリティ・ワンと同等の力を手にするため、フェネクス捕獲作戦「不死鳥狩り」に着手するとナラティブガンダムを調達し、そのパイロットとしてヨナを参加させる。

だが、ミシェルはジオン共和国軍にもIIネオ・ジオングを譲渡しており、サイコフレーム搭載機同士を争わせることによってフェネクスをおびき出すことを画策していた。秘密任務のために「袖付き」の残党を装うゾルタン・アッカネン率いるジオン共和国正規軍は、ミシェルの思惑に乗せられてスペースコロニー内で「不死鳥狩り」部隊と戦闘を開始する。多数の民間人犠牲者が出る中、ナラティブガンダムは一時的にフェネクスを捕らえる事に成功するも、ヨナの激情に端を発した暴走を経て、最終的には飛び去られてしまう。

戦闘後、ミシェルはリタへの贖罪を兼ねて、ユニコーンガンダムの力を手に入れようとしたことを告白する。一方、ゾルタンの戦闘行為を問題視したジオン共和国側は、責任を追及される前に彼を切り捨てようと目論む。しかし、それを知ったゾルタンは自暴自棄になって、IIネオ・ジオングの力で新サイド6のヘリウム3備蓄基地を臨界爆発させ、地球圏に壊滅的な打撃を与えようと暴れだす。

リタの思念を感じて戦場に駆けつけたヨナとミシェルらは、フェネクスと共闘してゾルタンと対決。ヨナはミシェルを喪いつつも、最終的にはフェネクスの力を引き出してIIネオ・ジオングを撃破する。全てを終えたフェネクスは、最後にヨナを降ろして銀河の中心に向けて飛び去っていったのだった。