かつて祖父から託されたスーパーロボットのマジンガーZを操り、悪の科学者Dr.ヘル率いる地下帝国の野望から人類を救った兜甲児は、あれから10年が経ち、今はマジンガーZを降り、祖父や父のように科学者の道を歩み始めていた。そんな中、富士山の地中深くに現れた謎の巨大構造物と謎のアンドロイドリサと出会う、時を同じくして10年前倒した筈の機械獣とDr.ヘル一味が再び姿を現す。 復活したDr.ヘルと機械獣軍団によって滅亡の危機に瀕した人類を救う為に、マジンガーZと兜甲児が再び立ち上がる。
