第一章
1993年、東京タワーでの社会科見学中、中学2年生の獅堂光、龍咲海、鳳凰寺風は偶然出会い、窓の外に浮かぶ謎の少女の幻影を目撃します。その直後、3人は異世界「セフィーロ」に召喚されます。そこで出会った導師クレフの導きを受け、3人は「魔法騎士（マジックナイト）」としてセフィーロを救う旅に出ることになります。
セフィーロは、神官ザガートによって「柱」であるエメロード姫が捕らえられたため、魔物が跋扈する危険な世界と化していました。ザガートを倒し、エメロード姫を救い出すためには、3人の魔法騎士が伝説の鉱物エスクードで作られた武器を手に入れ、各地の神殿に眠る魔神を蘇らせる必要があるとされました。
数々の困難を乗り越え、魔神を手に入れた3人は、ついにザガートを倒します。しかし、エメロード姫は突然豹変し、魔神を召喚して魔法騎士たちに襲いかかります。彼女は、セフィーロの荒廃の原因が、自分がザガートを愛してしまい、世界と万人の幸福を祈ることができなくなったためであること、そして魔法騎士の本当の役目が自分を殺すことだったと告げます。
戸惑う魔法騎士たちでしたが、最終的に彼女の悲しい願いを叶えるため、エメロードを討ち、元の世界へと帰還します。
第二章
東京に戻って数ヵ月後、3人は再びセフィーロへ召喚されます。セフィーロは「柱」を失い、崩壊の危機に瀕していました。3人は、自らの意思でセフィーロを救うため、そして自分たち自身との決着をつけるために戦うことを決意します。
セフィーロを狙う3つの国、オートザム、チゼータ、ファーレンは、それぞれの目的でセフィーロを侵略しようとします。光たちは、各国の野望が交錯する中で戦いを繰り広げますが、やがて新たな「柱」となるための決戦が始まります。
光は、病により余命わずかなイーグルが、柱制度を終わらせるために自らが柱となり、永遠の眠りにつこうとしていることを知ります。光は、柱制度によるさらなる犠牲を防ぐため、イーグルを救おうとします。最終的に、光は柱に選ばれ、柱制度を廃止することを宣言します。そして、すべての世界の人々が共に生きていける世界を作りたいと願います。
モコナは光の願いを叶え、光たちは新たな次元へと旅立ちます。オートザム、ファーレン、チゼータ、セフィーロの4つの国が一つとなり、新しい世界への一歩を踏み出しました。そして、光たちの住む地球もセフィーロとつながり、自由に往来が可能となりました。
物語は、光が新たに生まれた国の名付けを読者に委ねるシーンで幕を閉じます。
