2031年、中国の翔龍で発生した次世代エネルギー装置「量子リアクター」の爆発が原因で、特異進化生物「B.R.A.I」が世界中に出現し、人類は滅亡の危機に直面しました。人類は、生存をかけて「絶対防衛都市」と呼ばれる数十の都市に撤退せざるを得なくなりました。
「翔龍クライシス」と名付けられたこの爆発から7年後。事故を引き起こし、絶対防衛都市「ネオ翔龍」となった街から追放された科学者レオン・ラウは、契約を交わして家族となったクロエ・ラウと共に静かな生活を送っていました。しかしある日、近くに出現した大型のB.R.A.Iからクロエを守るため、レオンは多目的可変ビークル「MOEV」で出撃します。不慣れな戦いの中、レオンは開発中だったハイパードライブを起動させ、MOEVを人型に変形させることでB.R.A.Iを退けることに成功します。
この功績により、レオンはネオ翔龍へ帰還し、ネオ翔龍防衛軍が組織した特殊部隊「パンドーラ」に加入します。女性拳法家のクイニー・ヨウやスナイパーのダグ・ホーバットらと共に、B.R.A.Iの脅威を取り除くための戦いに身を投じることになります。
