種子島出身の高校2年生の真夏ダイチは、日常の生活に違和感を覚え、学業にも身が入らない日々を過ごしていた。ある日、テレビのニュース番組で見た丸い虹に幼少時の体験を重ね合わせたダイチは、夏休みを利用して種子島へ旅立つ。そこで亡き父、真夏タイヨウの墓参りをした後、幼少時の友達である嵐テッペイと夢塔ハナの2人と出会った思い出の地である宇宙基地を訪れる。テッペイは昔、ダイチの目の前で手の平から「丸い虹」を出して見せたことがあったのだった。
基地の地下へ足を踏み入れたダイチは、謎の少女のエーリアルと出会い、宇宙からの侵略者「キルトガング」が地球に迫る姿を見せつけられる。地球を守る力を欲したダイチの手には、いつの間にか「ライブラスター」という銃が握られており、超国家的組織「Globe（グローブ）」の開発した有人インパクター「アースエンジン・インパクター」のパイロットとして出撃。何の説明もないままの出撃だったが、何とか戦闘をこなしキルトガングを退けることに成功した。
帰還後、ダイチはテッペイとハナに再会し、父の親友である西久保ツトムがGlobeの司令であること、キルトガングが地球人の持つ生命エネルギー「リビドー（オルゴンエネルギー）」を収集するために地球を襲うこと、彼らがもし地球にたどり着いてしまうと人類は絶滅することを知る。
その後、アマラとモコの2人のみであったキルトガングは、自分達の仲間となるべく作られたアバター（分身体）のデザイナーズチャイルドの面々を次々と覚醒させ、「遊星歯車装置」を集結させる。ある際は「マシングッドフェロー」という小型機動兵器で、またある際はキルトガング本来の姿で執拗にダイチ達や地球を襲撃する。
また、キルトガングに抵抗するよりも、地球を捨てて脱出しようとするGlobe内の「方舟派」が、ツトム達「迎撃派」に対して不穏な動きを見せ始める。このような事態に対してツトムは、独立遊撃部隊「ミッドサマーズナイツ」を結成。ダイチ、テッペイ、ハナ、さらに自身の娘の夜祭アカリを加えた4人を、ミッドサマーズナイツのメンバーに任命するのだった。
ミッドサマーズナイツの「キャプテン」に選ばれたダイチは当初それを受け入れられずにいたが、自分を支えてくれる大切な友人や仲間達、そしてキルトガングとの戦闘を経て成長し、キャプテンとしての自覚を抱いていく。
