第一部（少年編）
父のようなゾイド乗りを目指す少年バンは、盗賊に追われ逃げ込んだ遺跡の中で、カプセルから誕生したオーガノイドのジークと遭遇する。ジークの力で辛くも危機を脱したバンは、同じくカプセルから生まれた少女フィーネと出会い、フィーネの失われた記憶を求め「ゾイドイヴ」探しの旅に出る。
賞金稼ぎのアーバインや運び屋のムンベイとの出会いや、ガイロス帝国軍の中で最強のゾイド乗りで黒いオーガノイド・シャドーを相棒にする少年レイヴンとの死闘。惑星Ziに新たな戦禍を巻き起こし、支配者として君臨することを目論む帝国摂政ギュンター・プロイツェンの陰謀との闘いを経て、バンはゾイド乗りとして成長していくのだった。
第二部（ガーディアンフォース編）
デスザウラーとの戦いから2年後。ヘリック共和国軍とガイロス帝国軍の戦争は終結し、正式に和平を結んだヘリック共和国とガイロス帝国は、共同で戦時中に使用されたスリーパーゾイドなどの撤去を行っていた。
再びゾイドイヴ探しの旅を続けるバンとフィーネだったが、手掛かりを得られず一度共和国に戻る。そこでバンはヘリック共和国軍のクルーガー大佐の下で軍人としての訓練を受け、フィーネはドクター・ディと共にゾイドイヴの調査を行うことになる。
やがて再び戦乱を招こうとする未知の敵が現れ、バンとフィーネは共和国と帝国の両国の軍が共同で平和維持を目的として設立した特殊部隊「ガーディアンフォース」の一員として行動を開始する。
