故事發生在《超時空要塞》36年後，人類與外星人傑特拉帝人在戰爭之後握手言和。2038年從地球派出第37次超長距離宇宙移民船團－新Macross級超大型船團7號（NMCV-007）前往太空深處尋找適合人類生活的星球，直到2045年遇見神祕的原始惡魔軍團，展開本系列的故事。
