西元2009年，地球人類與只知戰爭的巨人型異星人傑特拉帝相遇，隨後爆發了被稱為「第一次星間大戰」的史上首次星間戰爭，使地球面臨滅亡危機。隨著偶像歌手鈴明美的歌聲讓一部分傑特拉帝覺醒了文化，地球人類與他們開始共存，並為了延續種族開始向銀河各地進行移民。繼Megaroad級移民船之後，地球人類陸續派出載有百萬人的新Macross級超長距離移民船團。
西元2045年，以新Macross級7號艦Macross7為核心的第37次超長距離移民船團（通稱Macross 7船團）在尋找移民行星的旅途中，船團內的居住空間再現了地球的城市風貌，超過百萬名的民間人和軍人過著和平的日子。然而，有一天，船團遭遇到正體不明的敵人巴洛塔（日語：バロータ，英語：Baroita）軍的奇襲，被他們奪走名為「Spiritia」的生命能量的士兵和市民失去了生存的意志，甚至生命活動也受到威脅。
在這種情況下，搖滾樂隊「Fire Bomber」的主唱熱氣巴薩拉駕駛著他的愛機VF-19改（火焰巴爾基里）飛向戰場，不戰鬥，只是不停地歌唱。這種行為令保衛Macross 7的統合軍精英飛行員卡姆林・木崎感到極為不快，Fire Bomber的新成員米蓮・吉納斯也無法理解巴薩拉的意圖，因而越發不滿。然而，在敵我雙方都無法理解的情況下，巴薩拉不懈地歌唱，逐漸引起了一些人的共鳴。隨著時間的推移，米蓮和卡姆林通過相親變得親密，也開始理解巴薩拉。
巴薩拉的歌聲最終能夠解開敵軍士兵的洗腦，並驅逐以Spiritia為糧的生命體「原始惡魔」。統合軍注意到了這一點，將Fire Bomber的成員納入民間協力隊「Sound Force」的管轄之下。裝備了新開發的歌能量轉換單元的Sound Force接連擊退來襲的原始惡魔，人們為此喝采，但這與巴薩拉想要傳達自己歌聲的初衷有所不同。因為自己的歌聲無法傳達，巴薩拉踏上了尋求歌唱意義的放浪之旅，最終擺脫迷惘，再次開始歌唱。
隨著與原始惡魔的戰鬥愈發激烈，巴薩拉依然面向銀河不停歌唱，最終他的歌聲觸動了原始惡魔的心靈。受巴薩拉啟發而開始歌唱的原始惡魔，發現了自身內在的無限Spiritia，從而不再需要從人類那裡奪取Spiritia，並飛向了遙遠的宇宙。
