戰後紀元（After War, A.W.）15年，世界仍籠罩在第7次宇宙戰爭後的陰影之中。這場戰爭對人類與地球造成了毀滅性的破壞，導致地表荒蕪，社會秩序崩潰，僅存的人類在殘破的世界中掙扎求生。
主角嘉羅德，自幼因戰爭成為孤兒，如今以回收與奪取機動戰士為生，四處遊走維生。某天，他接受了一項委託，目標是奪回被綁架至「自由號」戰艦的少女蒂法。然而，在見到蒂法的那一刻，嘉羅德對她一見鍾情。而當他發現蒂法在見到委託人時流露出膽怯與恐懼的神情，便毅然決定帶著她一起逃走。
在蒂法的引導下，嘉羅德意外發現了傳說中的MS「鋼彈X」，從此命運發生劇變。經歷一連串波折後，嘉羅德與蒂法來到自由號戰艦，並與其艦長賈米爾聯手，展開一場尋找「新人類」的旅程。隨著旅途的推進，他們不僅探索著戰後世界的真相，也逐步揭開新人類的真正意義……
