由於父親在海外工作，不動明寄宿在父親好友牧村家中，並與牧村家的女兒美樹就讀同一所知名學院。某天，不動明的好友飛鳥了告知他有關地球原住民「惡魔」的存在，並警告惡魔族即將甦醒。飛鳥了還提到，只有善良且堅強的年輕人才能與惡魔合體而不被其意志侵蝕，成為「惡魔人」。最終，在危急時刻，不動明接受了提議，與惡魔勇者安蒙合體，成為擁有惡魔力量但保有人類心靈的惡魔人。
儘管惡魔族派出多名刺客試圖殺死不動明，但都以失敗告終。於是，惡魔族轉而利用人類的弱點——恐懼，展開無差別合體的混亂戰術，使人類陷入疑神疑鬼、互相猜忌的狀態，造成大量生命的死亡。不動明為了阻止這種現象，獨自對抗無數惡魔，但最終因惡魔族的數量過多而倒下。然而，大魔神撒旦命令惡魔們「救活惡魔人」，這才使不動明得以存活。
不動明領悟到僅靠一己之力無法獲勝，但因為無差別合體的現象，誕生了許多像他一樣的惡魔人，這促使不動明開始組建惡魔人軍團。另一方面，人類為了生存，開始研究惡魔。生物學家錯誤地將「惡魔的原型就是對現代生活不滿的人」這一結論公諸於世，導致人類以狩獵惡魔為名，成立了「惡魔特搜隊」，並逮捕、拷問或殺害所謂的「危險人物」。飛鳥了因為事件的發展過於符合自己的預期，回到家中，卻發現名為飛鳥了的少年其實已經死去。混亂中，珍妮等惡魔族出現在飛鳥了面前，讓他回想起自己就是惡魔的統治者——撒旦，隨後他出現在不動明面前，邀請他一同在惡魔的時代生活。
此時，不動明變身為惡魔姿態的畫面被飛鳥了通過電視向全國公佈。不動明雖被牧村一家放走，但牧村一家卻慘遭鎮民殺害。對人類的憤怒與悲傷使得不動明決定與飛鳥了決一死戰。20年過後，人類已經滅絕，隨後惡魔人軍團與惡魔軍團展開了大戰。戰鬥結束時，不動明失去了下半身，而撒旦則含淚向他謝罪。
原來地球曾經由惡魔統治，但由於惡魔的醜陋，神計劃毀滅地球。撒旦反對這一計劃，與惡魔並肩作戰並取得勝利，然後進入長眠。當惡魔族甦醒後，卻發現地球已被人類統治，撒旦無法原諒人類玷污了這片美麗的土地。然而，最終撒旦發現，自己對人類所做的事情，與當年神對惡魔所做的並無不同。
