數年前，突然出現了神秘的巨大機器人——GR，並且開始破壞著世界各地的遺跡，其行動震撼了全世界。
在南與那國島打工的青年——草間大作，在不可思議的少女引導之下，於古代遺跡之中與巨大機器人締結了契約，並且開始了與神秘組織之間的戰鬥。
神秘組織的目的是什麼？不可思議的少女所警告的「GR之間是不可以互相戰鬥的」又將會是？