當若神丸（ﾜｶﾏﾙ）在日本面臨最後的試煉時，一個能改變武者頑駄無（ﾑｼｬｶﾞﾝﾀﾞﾑ）歷史的新生命誕生了。這個新生命就是被創造為武者頑駄無們最大敵人的破異武立闘（ﾊｲﾌﾞﾘｯﾄﾞ）王子破牙魔R-01（ﾊﾞｷﾏｱｰﾙｾﾞﾛﾜﾝ），亦即破牙丸（ﾊﾞｷﾏﾙ）。然而，他偶然遇到的少年マサキ吃掉了含有重要記憶的種子，因而忘記了自己本來的使命。當破異武立闘前來接他時，他幾乎被當作叛亂分子而被消除。更糟糕的是，他不幸被若神丸麾下的年輕武者・武侍丸（ﾌﾞｼﾏﾙ）捕獲，並被帶到與マサキ一起去武者頑駄無們的國家・天宮（ｱｰｸ）。
首次造訪天宮，破牙丸發現那裡已經是被破異武立闘軍團侵攻的戰亂世界。在被武者頑駄無和破異武立闘的兩軍追捕的同時，破牙丸唯一記得的目標是「打倒大將軍！」，於是他與マサキ一起踏上尋找大將軍的旅程。
在途中，破牙丸遇到了各種武者，並被他們熱情的武者魂所感動。破牙丸的旅程將會怎樣發展呢？
而最強的敵人—破異武立闘軍團，正義的武者頑駄無軍團能否獲得勝利呢……？