故事是發生在武者鋼彈未曾出現、世界依然有人類出現的「天主之國」中。由人類操縱的機械，稱為「武者」。有一天，「黑色武士團」發動叛變，將天主之國女王「月姬」擄走。為救出月姬，少年武士「侶蘭」決定駕駛白色的魔神像「武者Turn-A」，挑戰由東方不敗率領的黑色武者團。最後在與軍團真正首領、由古化文明時期殘存至今、被稱為「皇帝」的巨大電子頭腦交戰時，月姬一族代代相傳的「鋼彈結晶」，令武者Turn-A獲得自我意識，成為「武者實驗型鋼彈」。最後更將「皇帝」打倒。 隨著時代過去，「機動兵器」亦進化成「機械生命體」，亦即是後來的「武者頑馱無」。