宇宙世紀0091年，地球聯邦軍外圍部隊隆德·貝爾的阿姆羅·雷，在一番苦戰之後終於擊破了長期追蹤的泰坦殘黨所投入的精神感應型·鋼彈Mk-IV G-Doors。
一年後的宇宙世紀0092年，在被戲稱為「被遺忘的殖民地」的舊式太空殖民地月亮月（ムーン・ムーン），為了避免重複四年前的悲劇，光族（ひかりぞく）的人們戒除依賴機械的生活方式，過著田園詩般的日常。某天，殘破的G-Doors的頭部及其附屬單位精神感應板（サイコプレート）撞擊到月亮月的外壁。這一事件導致月亮月的環境出現了問題，因此光族派出使者向殖民地公司請求修理。然而，他們乘坐的太空船卻誤入了偽裝成新吉翁軍船隻「阿塔蘭特3」和隆德·貝爾的小規模衝突中。試圖幫助朋友而走出船艙的少年尤塔·卡西姆被捲入戰鬥並在戰場中漂流，後來被阿塔蘭特3所屬的軍人阿戈斯·拉加特救起，並透過他的機體巴爾吉爾的精神感應傳達系統，找到了同樣漂流的吉翁公主米涅瓦·拉歐·薩比。
光族允許「阿塔蘭特3」在月亮月停留，條件是「幫助修理殖民地」。然而，追擊而來的隆德·貝爾，以及企圖刺殺米涅瓦的新吉翁極端派，引發了一場戰鬥。尤塔在撤離途中替受傷的阿戈斯接手，啟動了經過緊急修理、安裝了G-Doors頭部的巴爾吉爾改—月鋼彈，為了幫助光族的人們而出擊。
