一年後的宇宙世紀0092年，在被戲稱為「被遺忘的殖民地」的舊式太空殖民地月亮月（ムーン・ムーン），為了避免重複四年前的悲劇，光族（ひかりぞく）的人們戒除依賴機械的生活方式，過著田園詩般的日常。某天，殘破的G-Doors的頭部及其附屬單位精神感應板（サイコプレート）撞擊到月亮月的外壁。這一事件導致月亮月的環境出現了問題，因此光族派出使者向殖民地公司請求修理。然而，他們乘坐的太空船卻誤入了偽裝成新吉翁軍船隻「阿塔蘭特3」和隆德·貝爾的小規模衝突中。試圖幫助朋友而走出船艙的少年尤塔·卡西姆被捲入戰鬥並在戰場中漂流，後來被阿塔蘭特3所屬的軍人阿戈斯·拉加特救起，並透過他的機體巴爾吉爾的精神感應傳達系統，找到了同樣漂流的吉翁公主米涅瓦·拉歐·薩比。
光族允許「阿塔蘭特3」在月亮月停留，條件是「幫助修理殖民地」。然而，追擊而來的隆德·貝爾，以及企圖刺殺米涅瓦的新吉翁極端派，引發了一場戰鬥。尤塔在撤離途中替受傷的阿戈斯接手，啟動了經過緊急修理、安裝了G-Doors頭部的巴爾吉爾改—月鋼彈，為了幫助光族的人們而出擊。
